از جمله مسائل مابعدالطبیعه، مسأله جواهر مفارق و نحوه شناخت مفارقات است. پیچیدگی بحث شناخت جواهر مفارق تا حدّی است که فیلسوفان هنگام بررسی و تأمّل در باب آن، آراء متفاوت و گاه متعارضی را ارائه میدهند. از جمله اندیشمندان دوره میانه، میتوان به ابن سینا و توماس آکوئینی اشاره کرد که هر یک از ایشان با ذکر دلایلی و شواهدی چند دو نظر مقابل در خصوص شناخت جواهر مفارق اعلام میدارند، چنانکه در برخی موارد شناخت جواهر مفارق را برای نفس انسانی ممکن میدانند و در مواردی نفس انسانی را قادر به شناخت نمیدانند. با این وصف اگرچه آراء دو اندیشمند مردّد و ناسازگار مینماید اما با تحلیل آراء ایشان و به دنبال ارائه تقسیم ثُنائی برای شناخت، یعنی شناخت حقیقت و شناخت حقیقی، میتوان تعارض ظاهری را مرتفع ساخت و در نهایت اعلام داشت که به اعتقاد هر دو اندیشمند، نفس انسانی قادر به شناخت حقیقت جواهر مفارق است؛ با این تفاوت که از نظر ابن سینا شناخت حقیقت منوط به افاضه عقل فعال بیرونی است، حال آنکه از نظر آکوئینی، شناخت حقیقت مستلزم اِعداد عقل فعال درونی است و از سوی دیگر هر دو اندیشمند، اتفاق نظر دارند بر اینکه شناخت حقیقی جواهر مفارق برای نفس انسانی امکانپذیر نیست، بلکه شناخت حقیقی مختص جواهر مفارق و خداوند است و در نهایت اینکه از طریق علم حصولی نمیتوان به شناخت حقیقی مفارقات نائل شد.
. ابنسینا، الالهیات من کتاب الشفاء، محقق حسنزاده الآملی، بوستان کتاب، 1385.
2. ابنسینا، التعلیقات، دفتر تبلیغات اسلامی، قم، 1379.
3. ابن سینا، حدود یا تعریفات،ترجمه مهدی فولاد وند، سروش، 1366
4. ابنسینا، الشفاء، المنطق، البرهان، تصدیر و مراجعه الدکتور ابراهیم مدکور، تحقیق ابوالعلاء عفیفی، مع تعلیقات العلامه السید محمدحسین طباطبایی، ذویالقربی، چاپ اول، 1428.
5. . ابنسینا، المباحثات، تحقیق و تعلیق محسن بیدارفر، انتشارات بیدار، 1371.
6. . ابنسینا، المبدأ و المعاد، به اهتمام عبدالله نورانی، مؤسسه مطالعات اسلامی دانشگاه مکگیل با همکاری دانشگاه تهران، 1363.
7. ابنسینا، النجاه من الغرق فی بحر الضلالات، تصحیح محمد تقی دانش پژوه، دانشگاه تهران، چاپ دوم، 1379.
8. ابنسینا، النفس من کتاب الشفاء، المُحَقِّق حسن حسنزاده الآملی، بوستان کتاب، 1385.
9. برهیه، امیل، تاریخ فلسفه قرون وسطی و دوره تجدد، ترجمه و تلخیص یحیی مهدوی، انتشارات خوارزمی، 1380.
10. رازی، امام فخرالدین محمد بن عمر، شرح الاشارات و التنبیهات، مقدمه و تصحیح علیرضا نجفزاده، انجمن آثار و مفاخر فرهنگی، 1384.
11. Aquinas, Saint Thomas, Summa Contra Gentiles, Book One: God, Translated with an Introduction and Notes, by Anton C. Pegis, F.R.S.C., London, 2009.
12. Aquinas, Saint Thomas, Summa Contra Gentiles, Book Two: Creation, Translated, with an Introduction and Notes, by James F. Anderson, Notre Dame, 2006.
13. Aquinas, St. Thomas, Truth, Translated by James V. Mac Glynn, S.J, Volum 2, Cambridge, 1984.
14. . Aristotle, Metaphisics, Translated by W. D. Ross, in the Complete works of Aristotle, Sixth Printing, 1995.